L'immense majorité des cellules qui constituent notre corps nous sont étrangères. Nous comptons certes quelque cent mille milliards de cellules issues des divisions successives de l'œuf né de la fusion d'un spermatozoïde et d'un ovule. Mais aussi au moins dix fois plus de bactéries, nichées dans le tube digestif ou prospérant sur la peau, et participant à des fonctions essentielles. Et aussi une bonne centaine de milliards de cellules de notre mère et de nos enfants pour les femmes. Sans oublier quelques centaines de millions de cellules de nos frères et sœurs aînés. Conclusion vertigineuse, déroutante: sommes-nous, tels des monstres antiques, des chimères composées de l'assemblage de différents corps?
Heidelberg, 2008: le gratin des chercheurs en microbiologie annonce la constitution d'un consortium international destiné à séquencer l'ADN de la totalité des bactéries vivant sur le corps humain. L'annonce est passée totalement inaperçue de la grande presse. Pourtant, ses enjeux scientifiques sont de premier ordre, peut-être même plus importants que celui du fameux programme génome humain. Rien que dans l'intestin, on compte 150 gènes bactériens pour un gène humain, et il est impossible de comprendre la digestion sans connaître les réactions catalysées par les produits de ces gènes. L'existence de bactéries vivant dans le tube digestif humain était connue de longue date.
Bactérie Vibrio cholerae dans l'intestin d'un malade du choléra. Notre tube digestif recèle nombre de bactéries inoffensives© DRMais cette fameuse «flore intestinale», chère aux fabricants d'aliments santé et autres compléments nutritifs, restait très mal connue. Cette ignorance s'expliquait par l'impossibilité de cultiver ces bactéries en laboratoire pour les étudier.
Dès le début du XXe siècle, les microbiologistes observant des selles au microscope avaient relevé que les bactéries qu'elles contiennent meurent en quelques minutes car l'oxygène, absent dans le tube digestif, leur est fatal. Cet obstacle a pu être contourné par l'explosion des techniques de séquençage qui permettent de décrire la séquence des lettres chimiques –les nucléotides– qui composent l'ADN.
Séquencer le génome d'une bactérie était, il y a encore dix ans, un exploit. C'est à présent une tâche de routine. C'est ce qui a permis de passer au séquençage non plus du génome d'une espèce, mais de la totalité des espèces bactériennes vivant dans un milieu donné. Cette technique dite de métagénomique a révolutionné la microbiologie, en permettant d'étudier des bactéries, ou tout au moins leurs génomes, impossibles à cultiver. Exit la bonne vieille flore intestinale. C'est désormais les microbiotes, ensemble des espèces bactériennes vivant dans un milieu donné, qui passionnent les chercheurs. Celui du tube digestif, bien sûr, depuis la bouche jusqu'au colon en passant par l'estomac et l'œsophage, mais aussi de la peau, du vagin, de la vessie ou encore des glandes sécrétrices d'hormones. Seuls le squelette et le système nerveux central en sont exempts.
