Ministre du Budget dans le gouvernement Balladur (29 mars 1993-16 mai 1995), il tient, à ce titre, une place essentielle dans l'affaire. C'est lui qui a signé la «lettre de garantie» sans laquelle le contrat Agosta encadrant la vente en 1994 de trois sous-marins au Pakistan n'aurait pu être conclu. Lui qui, depuis Bercy, a donné son aval à la création de Heine, une société luxembourgeoise utilisée par la direction des constructions navales (DCN) pour faire transiter les commissions suspectes. Le ministère du Budget? «C'est là qu'il faut chercher», confirme Charles Pasqua lorsqu'on l'interroge sur l'affaire de Karachi. Selon des notes manuscrites saisies par la police, Nicolas Sarkozy serait intervenu, juste avant la présidentielle de 2007, en octobre 2006, afin de dissuader Jean-Marie Boivin, «M. commissions» à la DCN, de révéler ses secrets. Autre élément embarrassant pour le chef de l'Etat: sa proximité avec le sulfureux intermédiaire Ziad Takieddine, suspecté d'avoir financé la campagne d'Edouard Balladur dont Nicolas Sarkozy était le directeur et le porte-parole.