Face au variant Delta, le tracing sera décisif

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Si l’épidémie poursuit sa décrue en France, ce variant gagne du terrain dans les Landes et en Île-de-France. Cet été, la qualité du tracing doit être encore optimisée. La technique du retrotracing, elle, sera déployée partout au 1er juillet.

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Au Royaume-Uni, le variant indien Delta, plus contagieux, a désormais pris presque toute la place : il représente 91 % des tests séquencés dans le pays, selon le dernier rapport de Public Health England, l’agence de santé publique anglaise, en date du 18 juin. Outre-Manche, le nombre de cas positifs était toujours en hausse, de +31 % en une semaine. Le Portugal emprunte exactement le même chemin : depuis début juin, l’épidémie repart nettement et le variant Delta a été repéré dans 60 % des tests criblés à Lisbonne.

Ce variant conduirait à un plus grand risque d’hospitalisation. Au Royaume-Uni, 1 400 malades du Covid ont été hospitalisés sur une semaine, en hausse de +40 %. Mais les Britanniques estiment, avec un degré de confiance élevé, que le vaccin reste efficace contre ce variant. S’ils ont constaté des infections plus nombreuses chez les personnes vaccinées, celles-ci n’ont souvent reçu qu’une dose de vaccin. Et les personnes vaccinées, même infectées, restent bien protégées contre le risque d’hospitalisation. 

En France, la baisse épidémique est toujours spectaculaire : −41 % de cas positifs dans la semaine du 7 au 13 juin, par rapport à la précédente, selon le dernier bulletin épidémiologique de Santé publique France. Autre nouvelle rassurante : le taux de positivité des tests ne cesse de baisser, il est de 0,9 % sur les sept derniers jours. 1111 personnes ont été hospitalisés sur les 7 derniers jours, contre 2056 dans la semaine du 7 au 13 juin.

Le variant gagne du terrain en France

Selon la dernière enquête Flash, le variant Delta représentait moins de 1 % des tests séquencés, mais celle-ci remonte au 15 mai. Une nouvelle technique de criblage des tests PCR donne des résultats plus récents, mais encore fragiles, met en garde Santé publique France : au 16 juin, 4,6 % des tests criblés présentent la mutation L452R , celle du variant Delta.

Plateau d'appel téléphonique pour le rétrotracing des patients atteints de Covid, à Nantes © Hans Lucas via AFP Plateau d'appel téléphonique pour le rétrotracing des patients atteints de Covid, à Nantes © Hans Lucas via AFP
Une récente étude, pas encore publiée, confirme la progression récente du variant. L’équipe de modélisation de l'épidémiologie et de l’évolution des maladies infectieuses du CNRS, basée à l’université de Montpellier, a étudié les criblages de plus de 5 000 tests PCR réalisés entre le 31 mai et le 8 juin en France. Et elle repère une « progression rapide » du variant Delta en Île-de-France. Elle a modélisé la progression du variant dans la région et estime qu’aux alentours du 15 juin, il devait représenter plus de 10 % des tests positifs. Ce nouveau variant « pourrait représenter un défi majeur de santé public pour les autorités sanitaires », mettent en garde les chercheurs. Ils estiment qu’il est 92 % plus transmissible que le variant britannique, soit près de deux fois plus.

Face à la menace du variant Delta, le ministre de la santé Olivier Véran assure que la France a encore un temps d’avance : « Avec 2 000 à 3 000 cas par jour, ce n’est plus le virus qui nous traque mais nous qui le traquons », a-t-il déclaré au Journal du dimanche le 19 juin.

Le virus a hélas souvent fait mentir les promesses optimistes des politiques. Dans les Landes, où Jean Castex et Olivier Véran sont annoncés jeudi 24 juin, « une circulation à bas bruit du variant Delta a probablement démarré mi-mai », note Santé publique France. Sans aucun bruit en réalité, comme le raconte Laurent Filleul, responsable de la cellule régionale de Santé publique France en Nouvelle-Aquitaine. « Dans les tests de criblage, on a vu dans les Landes le variant britannique baisser très vite. Ce n’était pas normal. En réalité, ils ne détectaient pas le variant Delta, en hausse. Un nouveau test de criblage a enfin permis de l’identifier. »

Le criblage est le premier niveau d’analyse des tests PCR, réalisé en routine dans les laboratoires de biologie. Peu précis, il permet de repérer les variants, mais sans toujours les distinguer entre eux. Une nouvelle version du criblage, en cours de déploiement, repère désormais le variant Delta, ce qui n’était pas le cas jusque-là.

L’analyse des variants comprend un deuxième niveau : une fois par mois environ, une sélection nationale de tests PCR, suivant le principe d’un sondage, est séquencée par le Centre national de référence des maladies respiratoires. Cette enquête flash permet d’identifier le lignage précis du virus (voir notre article ici). « Dans les Landes, précise Jérôme Filleul, une enquête flash approfondie a été lancée. »

La cellule régionale qu’il dirige est chargée de mener des enquêtes épidémiologiques approfondie dans les situations complexes : des clusters de taille importante en extension, la présence active de variants préoccupants, etc. Dans les Landes, l’enquête épidémiologique locale est intrigante : « Les cas positifs au variant delta les plus précoces ont été identifiés chez deux personnes d’origine indienne, mais qui n’avaient pas voyagé, rapporte Laurent Filleul. Nous n’avons pas pu remonter la chaîne de contamination. Ensuite, plusieurs familles ont été dépistées positives, à 50 kilomètres de là, puis d’autres familles encore. Aujourd’hui, 15 des 18 communautés de communes des Landes sont touchées par le variant Delta. Il y a beaucoup de chaînes de transmission que nous ne parvenons pas à relier entre elles. Le variant s’est diffusé très vite : on estime qu’il représente 30 % des cas aujourd’hui. »

L’épidémiologiste confie son « ressenti », qui recoupe les études britanniques : « Ce variant est plus transmissible. On a beaucoup de familles où tous les membres sont touchés. »

Remonter les chaînes de transmission

La région Nouvelle-Aquitaine a connu deux autres pics épidémiques. Le premier à Bordeaux, dans le quartier de Bacalan, à la fin du mois de mai. Le virus qui circulait était issu du lignage Alpha (anglais), mais présentait une mutation problématique sur la protéine Spike du virus. À la différence des Landes, « l’enquête épidémiologique a permis de retracer les chaînes de transmission, explique le chef de la cellule régionale de Santé publique France. À l’origine, il y avait des goûters d’enfants organisés à l’intérieur. Le virus s’est propagé dans les familles et les écoles, deux ont dû fermer. »

Les Pyrénées-Atlantiques ont aussi connu un pic, fin mai : « Il correspond à l’ouverture des bars et des restaurants, poursuit-il. Nos équipes sur le terrain rapportent qu’il y a eu un afflux de population sur la côte, et des fêtes locales. Cet épisode donne probablement un avant-goût de l’été », met-il en garde.

Mais la région Nouvelle-Aquitaine a repris rapidement le contrôle de l’épidémie. Les mesures habituelles ont permis de maîtriser le virus : le traçage et l’isolement des cas positifs et contacts, le rappel des gestes barrières, un dépistage renforcé et « l’accélération de la vaccination pour casser le pic épidémique », explique Laurent Filleul. Seule exception, les Landes, où se dessine peut-être un nouveau pic ces tout derniers jours.

Les moyens déployés pour traquer le virus sont-ils suffisants ? En Nouvelle-Aquitaine, « il y a une dizaine de personnes au sein de notre cellule en temps normal, nous sommes aujourd’hui une quinzaine. Quand on se compare avec d’autres pays, il y a certainement un sujet », reconnaît Laurent Filleul.

Dans le JDD, Olivier Véran a annoncé de nouveaux moyens pour l’été : en cas de contamination, seront opérationnels 2 000 « médiateurs lutte anti-Covid » capables de réaliser des tests, des enquêtes sanitaires ou de fournir une aide à l’isolement à domicile, pour seconder les brigades de l’assurance-maladie.

Tant que 80 à 90 % de la population ne sera pas vaccinée, il restera un terrain de jeu pour le virus

« En France, l’épidémiologie de terrain mérite d’être améliorée », estime l’épidémiologiste suisse Didier Pittet, qui a rendu en mars un rapport d’évaluation de la gestion de la crise en France. « Ce travail de santé publique sera fondamental dans les huit à douze prochains mois. Il faut bien sûr augmenter la couverture vaccinale. Mais tant que 80 à 90 % de la population ne sera pas vaccinée, il restera un terrain de jeu pour le virus. Il faut être attentif à tous les nouveaux foyers de transmission, en particulier lorsque des variants préoccupants sont impliqués. Il faut tester autour des cas positifs, dans le 1er, le 2e, le 3e cercle, pour remonter les chaînes de transmission. »

Le tracing numérique s’est révélé décevant, en France comme ailleurs : « Il n’y a qu’à Taïwan que le suivi des données de géolocalisation a montré une petite utilité, assure le professeur Pittet. En termes d’efficience – le coût rapporté à l’efficacité –, c’est presque nul. » 

La grande majorité du travail du tracing est assurée en France par l’assurance-maladie, qui a dédié jusqu’à 10 000 personnes à ce travail d’appel des personnes testées positives au coronavirus, pour identifier leurs contacts et les inviter à leur tour à se faire dépister. 

« Le propre du tracing, c’est de s’adapter continuellement », explique Jean-Baptiste Calcoen, chargé du tracing au sein de la direction des opérations de l’assurance-maladie. « Mi-avril, au pic de la troisième vague, on a absorbé 120 000 appels par jour. Aujourd’hui, nous n’avons plus que 5 000 patients positifs à appeler chaque jour, puis leurs contacts. On essaie de rehausser la qualité du tracing, de le rendre à la fois réactif et exhaustif. Nous mettons en place un second appel, pour savoir si l’isolement se passe bien et vérifier que tous les contacts ont bien été identifiés. Nous rappelons aussi quand un variant a été identifié. »

Depuis le 25 mars, sur le modèle de la Corée du Sud, l’assurance-maladie expérimente le retrotracing : à la différence du tracing classique, qui se contente d’identifier les contacts d’un cas positif entre deux et sept jours plus tôt, le retrotracing cherche à remonter dans le temps les chaînes de contamination. « Entre 10 et 20 % des personnes positives sont capables d’identifier la source de contamination, explique Jean-Baptiste Calcoen. À partir du 1er juillet, nous allons tenter d’identifier les personnes coexposées, jusqu’à 10 jours avant un test positif. Par exemple, lorsqu’une personne explique avoir été probablement contaminée par son cousin, au cours d’une réunion familiale une semaine plus tôt, on va tenter de contacter toutes les personnes présentes au cours de cette réunion. Toutes ces personnes coexposées vont être traitées comme des contacts : on va les appeler, leur demander de se tester et de s’isoler. »

L’expérimentation a d’abord été conduite dans les départements de la Côte-d’Or et de la Loire-Atlantique. Elle a donné des résultats intéressants : 10 % des coexposés se sont révélés positifs, révélant ainsi des chaînes de contamination jusque-là passées inaperçues. Le retrotracing détecte surtout des contaminations au cours de « rassemblements privés (réunions de famille, anniversaires, réunions entre amis...), en milieu scolaire (sorties pédagogiques ou sportives...) ou encore en milieu sportif (rencontres sportives amicales ou en compétition...) », énumère l’assurance-maladie. Le retrotracing doit être déployé sur tout le territoire à partir du 1er juillet.

Certains ne veulent pas participer

Après 16 mois de Covid, la population joue-t-elle encore le jeu ? Jean-Baptiste Calcoen avance quelques chiffres : « Environ 25 % des cas positifs acceptent la visite à domicile d’une infirmière, pour aider à l’isolement, et même 30 % quand un variant a été détecté. 12,5 % des cas positifs acceptent l’accompagnement social pour les aider à s’isoler : une garde d’enfants, un portage de repas, plus rarement un relogement. » Laurent Filleul, responsable de la cellule régionale de Santé publique France en Nouvelle-Aquitaine, est un peu plus dubitatif : « Nous rappelons les cas positifs après l’assurance-maladie. Certains en ont assez, ne veulent pas participer, même si ce n’est pas la majorité. »

Une nouvelle fois, le ministre de la santé n’hésite pas à être menaçant vis-à-vis des récalcitrants : « Si une personne contaminée par le variant indien refuse de répondre aux équipes de l’assurance-maladie ou de respecter les consignes de mise à l’abri, une alerte est faite aux préfets, a-t-il déclaré au JDD. Ces derniers peuvent prendre des mesures d’isolement. C’est plus coercitif et nous n’hésiterons pas à le faire, car nous ne pouvons pas prendre le risque de départ d’une nouvelle vague épidémique. »  

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